Kodex přichází s novou systematikou trestního práva a zpřísňuje sazby u trestných činů proti životu a zdraví, zvyšuje hranice výjimečného trestu o pět let a zpřísňuje podmínky případných změn v oblasti výjimečného trestu.

Zásadní změnu představuje posílení prvků formálního pojetí trestného činu. Dosud platí v České republice tzv. formálně materiální pojetí trestného činu, kdy vedle jednání, které je popsáno ve skutkové podstatě, je nutné posuzovat míru společenské nebezpečnosti. Při malé nebo nepatrné míře společenské nebezpečnosti se nejedná o trestný čin. Moderní evropské právo ovšem stojí podle navrhovatele na principu formálního pojetí, kdy každé jednání, které splňuje formální znaky trestného činu, je trestným činem. I zde je ovšem zachováno tzv. interpretační pravidlo, které zkoumá míru společenské škodlivosti nikoliv nebezpečnosti. Formální pojetí trestného činu má omezit libovůli orgánů činných v trestním řízení a zaručit vyšší ochranu zákonnosti při stíhání trestných činů.

S formálním pojetím trestného činu souvisí též posílení postavení státních zástupců. Posiluje se možnost státního zástupce zastavit trestní řízení – tzv. princip oportunity a možnost mít větší pravomoci v přípravném řízení. Za touto změnou stojí záměr, aby se k soudu dostávaly pouze případy, u nichž je pravděpodobné, že nashromážděné důkazy obstojí a proces bude ukončen rozsudkem.

Další změnou je dělení trestných činů na přečiny a zločiny. Přečin představuje méně závažný trestný činy se sazbou maximálně tři roky odnětí svobody, přičemž návrh umožňuje různé odklony a alternativní způsoby, jak efektivně a rychle řešit takovouto trestnou činnost bez klasického hlavního líčení před soudem.

Nový trestní zákoník je postaven na tzv. principu subsidiarity – trestní represe má nastupovat pouze v těch případech, kdy jiné prostředky práva selžou, anebo jsou málo efektivní. Posilování alternativních trestů reaguje taktéž na přeplněnost českých věznic. Návrh předkládá k diskuzi např. zavedení tzv. domácího vězení a rozšíření aplikace veřejně prospěšných prací.

Návrhem se nyní zabývá Ústavně právní výbor Poslanecké sněmovny. Navrhovaná účinnost je od 1. 1. 2009.