Nejvýraznější změnou v zákoně o spotřebních daních je snížení sazby spotřební daně na směsnou naftu. Toto daňové zvýhodnění je notifikováno Evropskou Komisí, která svým rozhodnutím umožnila ČR poskytovat tento typ podpory do 30. 6. 2010.

Dále se novelou zákona, dle předkladatele, vypouštějí limity spotřebovaného množství pohonných hmot při zemědělské prvovýrobě, na které bylo dosud možno podle typu kultur každoročně uplatňovat vrácení spotřební daně. Současně jsou z vracení daně vyjmuty činnosti spojené s lesním hospodářstvím. V rámci změny zákona o ochraně ovzduší došlo návrhem k napravení současného nevyhovujícího stavu, kdy byly subjekty přepravující pohonné hmoty z jiných členských států na území ČR vynechány, ačkoli i nastavovaný kontrolní systém počítá s jejich kontrolou. Pro napravení tohoto stavu se předkladatel rozhodl pro zahrnutí “přepravujících” subjektů do formulace pojmu povinných osob.

V neposlední řadě návrh zasahuje také do zákona o lihu, kde jsou zpracovány nezbytně nutné minimální změny k zajištění provádění kontrol biopaliv při jejich uvádění na trh.

Při výrobě biopaliv by mělo dojít z technického hlediska k zásadním změnám ve srovnání se stávajícím stavem, a to zejména v objemu výroby, který bude dle odhadů řádově vyšší než jakákoli stávající produkce lihu. S násobně větším objemem výroby souvisí i další technické aspekty, kterými jsou odlišný způsob měření produkce lihu a provádění denaturace. Denaturace, doposud prováděná vsádkově, musí být také přizpůsobena předpokládaným množstvím. Řešením je kontinuální denaturace, pro kterou je nutno stávající zákon o lihu rovněž upravit.

Dále by návrh zákona měl posoudit Senát a následně také prezident republiky.