Hlavní změny nového trestního řádu jsou:
1. Zvýšená ochrana poškozených
Mezi předběžná opatření, jejichž smyslem je chránit poškozeného, by měl patřit: zákaz kontaktování poškozeného podezřelým nebo setkání s ním, příkaz opustit byt a jeho bezprostřední okolí, zákaz návštěv určitých míst, akcí a zařízení, zákaz styku s určitými osobami, příkaz nezdržovat se na určitém místě, zákaz přechovávat předměty, které by mohly sloužit k páchání dalších trestných činů a jiné. Tato předběžná opatření by mělo být možné využít při podezření z domácího násilí, pronásledování a některé další narůstající specifické formy trestné činnosti vázané na místo, např. sportovní utkání, zábavní centra, restaurační a jiná zařízení.

2. Zkrácení délky trestního řízení - dohoda o vině a trestu
Pokud se obžalovaný k trestnému činu dozná, může navrhnout trest, ochranné opatření nebo výši náhrady škody. Pokud s ním státní zástupce souhlasí, soud může dohodu bez dokazování schválit.

3. Omezení možnosti mařit úkony trestního řízení
Obviněný bude mít povinnost označit adresu, kam bude doručována obžaloba a předvolání k hlavnímu líčení nebo k veřejnému zasedání. Pokud si obviněný zásilku nevyzvedne a nedostaví se k hlavnímu líčení, bude moci předseda senátu např. předvést obviněného nebo konat hlavní líčení v jeho nepřítomnosti. Pokud se svědek bude vyhýbat účasti u jednání soudu, bude možné jej bezodkladně potrestat pro jednání kvalifikované jako pohrdání soudem.

4. Užití úředního záznamu jako důkazu při trestním řízení

5. Omezení nedůvodně zahajovaných trestních řízení
Úprava by měla rozlišovat mezi tzv. oznámením o faktech, která skutečně nasvědčují spáchání trestného činu („trestním oznámením“) a tzv. jinými podněty, které neobsahují relevantní informace.

Před vlastním připomínkovým řízením, po jehož provedení by se měl již návrh dokončit, bude návrh projednán s představiteli soudů, státních zastupitelství, advokátní komory a odborníky z oblasti teorie a praxe. Cílem je, v závislosti na rychlosti projednání připomínek, předložit vládě věcný záměr trestního řádu na podzim roku 2007. S účinností nového trestního řádu se počítá od roku 2011.