Vládní návrh nového zákoníku práce byl v Parlamentu ČR projednáván od 27. 9. 2005 do 23. 5. 2006. V tomto období projednával Parlament ČR řadu návrhů zákonů, které zasahovaly mj. i do problematiky upravované novým zákoníkem práce. Některé z těchto návrhů zákonů byly schváleny a vyhlášeny ve Sbírce zákonů, některé však schváleny nebyly nebo se jejich projednávání oproti návrhu zákoníku práce opozdilo či bylo přerušeno a vzhledem ke konci volebního období již nebylo dokončeno. Nový zákoník práce obsahuje též nedostatky způsobené některými schválenými pozměňovacími návrhy, ale i nepřesnosti a chyby způsobené zejména v důsledku nedostatečného času na odpovídající přípravu a projednání v průběhu legislativního procesu.

K odstranění výše uvedených nedostatků rozhodl ministr práce a sociálních věcí o zpracování návrhu novely zákoníku práce a některých dalších souvisejících zákonů. Má za cíl provést zasazení zákoníku práce do právního řádu, tedy provázání s dalšími zákony či návrhy zákonů. Dále věcně zpřesňuje některá ustanovení a přináší legislativně technické opravy a úpravy. Novela by neměla obsahovat konfliktní ustanovení a reakci na návrhy poslanců a senátorů podané ve druhém pololetí roku 2006 Ústavnímu soudu, které požadují zrušení některých ustanovení zákoníku práce.

Neprojednání nebo neschválení některých zákonů mj. vyvolalo podle ministerstva práce a sociálních věcí následující důsledky:
•        Právní úprava dosavadního zákoníku práce, která byla harmonizována s právem Evropské unie a Evropských společenství, v zákoníku práce harmonizována není, a to jako důsledek neschválení antidiskriminačního zákona.
•        Vládní návrh zákona o zdravotní péči, jehož projednávání bylo přerušeno, předpokládal existenci pracovního lékařství. S touto institucí počítá rovněž nový zákoník práce, protože však pracovní lékařství neexistuje, způsobuje uvedená situace aplikační problémy.
•        V zákoníku práce nejsou promítnuty důsledky schválení zákona o registrovaném partnerství, ani zákona o veřejných neziskových zdravotnických zařízeních, ani změny zákona o advokacii, jakož ani nového zákona č. 108/2006 Sb., o sociálních službách.
•        Rovněž není vyjádřena souvislost a návaznost nového zákoníku práce a zákona o zajištění dalších podmínek bezpečnosti a ochrany zdraví při práci (č. 309/2006 Sb.).
•        Zákoník práce obsahuje dále některé právní nepřesnosti, legislativně technická pochybení a některé pozměňovací návrhy, které vyvolaly nechtěný aplikační následek, který se projevuje ve výkladu z opaku.

Ministr práce a sociálních věcí Petr Nečas k dalším plánům v této oblasti uvádí: „Vyčkám na rozhodnutí Ústavního soudu a potom podám návrh zásadní koncepční změny zákoníku práce. Budu přitom prosazovat odstranění těch regulací, které brání pružnějšímu fungování pracovního trhu.“