Nejvyšší kontrolní úřad ve své závěrečné zprávě z kontrolní akce 05/09 označil do té doby prováděný a akceptovaný zálohový způsob financování zahraniční služby prostřednictvím depozitního účtu za porušení rozpočtové kázně.

Ministerstvo zahraničních věcí je povinno zajistit financování cca 120 zastupitelských úřadů po celém světě, které fungují v zemích v různorodých politických, bezpečnostních a ekonomických podmínkách. Tento fakt je nutné vzít v úvahu, zejména tam, kde některé zastupitelské úřady musí mít zajištěny prostředky na několik měsíců provozu, neboť je nutné připravit se na situaci, kdy nebude možné prostředky k těmto úřadům fyzicky doručit. Zároveň je potřebné zdůraznit, že zastupitelské úřady nejsou účetními jednotkami a vyúčtování příjmů a výdajů je realizováno v ústředí ministerstva měsíčně, avšak s určitým zpožděním způsobeným časovou prodlevou při doručování dokladů ze všech destinací a jejich zpracováním.

Pro účely financování zastupitelských úřadů jsou používány prostředky stálé mimorozpočtové zálohy, které umožňují plynulé financování zastupitelských úřadů. V současné době je tato záloha součástí účtu cizích prostředků Ministerstva zahraničních věcí, avšak tento účet má ve smyslu platného znění rozpočtových pravidel svoje specifická pravidla použití. To je důvodem snahy prostředky stálé zálohy oddělit od účtu cizích prostředků na jiný, pro tyto účely definovaný a zákonem stanovený fyzický účet u ČNB, a tím zajistit transparentnost jeho používání. Zároveň je žádoucí vytvořit interní pokyn, který přesně vymezuje možnosti a způsob použití prostředků mimorozpočtové stálé zálohy.

Prostředky z této zálohy jsou zasílány k zastupitelským úřadům, které je používají v rámci pevně stanovených pravidel. Doklady o použití nebo příjmu peněžních prostředků jsou zastupitelskými úřady zasílány jedenkrát měsíčně do ústředí hlavnímu účetnímu, který po jejich kontrole provádí profinancování s příslušnými výdajovými a příjmovými účty ministerstva u ČNB, tedy jejich zaúčtování. Na základě tohoto profinancování příjmů a výdajů zastupitelských úřadů jsou prostředky na účet stálé zálohy doplněny z příslušných výdajových účtů nebo jsou v případě zúčtování příjmů státního rozpočtu odvedeny na příjmový účet. Ministerstvo technicky považuje právě tento okamžik za den vzniku výdaje nebo příjmu státního rozpočtu pro příslušný rok.

Prostředky mimorozpočtové zálohy jsou vedeny na ministerstvu účetně jako závazek vůči Ministerstvu financí, tzn. jsou účetně součástí pasiv státního rozpočtu.

Jako řešení situace se navrhuje upravit v rozpočtových pravidlech stav, který se zde dlouhou dobu již při financování zastupitelských úřadů fakticky používá.